Přirozeným vodním ekosystémem jsou ledovcová jezera, v České republice jsou to Plešné, Černé a Čertovo jezero na Šumavě. Většina vodních nádrží u nás vzniká uměle, nejčastěji se jedná o rybníky. Tradiční rybníkářství zvyšovalo množství živin v rybníce tzv. letněním, kdy se jednou za čas nechal rybník přes léto bez vody, aby se okysličilo bahno na dně. V současnosti se rybníky intenzivně hnojí a ryby se přikrmují. Produkce kaprů tak sice vzrostla, ale zároveň klesla druhová bohatost v nádržích.