Rekatolizace, třicetiletá válka a obnova

Po vítězství katolických Habsburků v bitvě na Bílé hoře (1620) začalo tažení proti protestantské víře s cílem upevnit pozice katolické církve (tzv. rekatolizace). Protestanti byli nuceni změnit víru, nebo opustit zemi. Na základě Obnoveného zřízení zemského bylo povoleno v habsburské monarchii pouze katolictví. Rekatolizace českých zemí trvala dlouhé roky, kvůli husitskému hnutí a ideám Martina Luthera zde byl pevně zakořeněn protestantismus. Třicetiletá válka (1618 – 1648) zasáhla kraj velmi tíživě. Krajem několikrát táhla vojska, města trpěla pobytem vojáků, které musela ubytovat a živit. Jejich pobyt doprovázely násilnosti, drancování i požáry. Navíc města byla ruinována placením výpalného. V roce 1630 se léčil v Karlových Varech generalissimus císařských vojsk, frýdlantský vévoda Albrecht z Valdštejna (1583-1634). Do lázní přijel se svým doprovodem, který čítal na 200 osob. O čtyři roky později byl vévoda na císařský rozkaz zavražděn v Chebu jako zrádce.

V roce 1631 se zmocnili Chebu na několik měsíců Sasové. V letech 1635 a 1646 byly Karlovy Vary vypleněny švédským vojskem, roku 1641 Pernink a okolí. Kraj drancovalo i císařské vojsko. Navíc v letech 1633 a 1634 postihlo Karlovarsko a Nejdecko mor, který prohloubil již tak vysokou bídu. V Nejdku nestačil hrobník pohřbívat mrtvé. Jejich těla ležela na hromadách na silnici a byla trhána smečkami zdivočelých hladových psů. Po skončení třicetileté války byl kraj v zuboženém stavu. Karlovy Vary se pozvedly vzhledem ke svému lázeňství a začaly brzo prosperovat. Znovu rozkvetla řemesla a proslulost získali karlovarští cínaři, jehláři a puškaři. Hůře na tom byla horní města, která začala trpět vyčerpaností rudných žil a bídou. Velice trpěli venkovští poddaní, kterým zvyšovala vrchnost robotu. Poddaných kvůli třicetileté válce ubylo a zvyšováním roboty a dalších povinností se vynahrazovala chybějící pracovní síla. Životní poměry zhoršila v roce 1679 morová epidemie. V roce 1680 zachvátila Čechy selská povstání proti vrchnosti. K většímu povstání došlo na Nejdecku, kde byli nakonec ozbrojení rebelové vojskem přinuceni k poslušnosti. Následovaly popravy, odsouzení k těžkému žaláři a další tresty. V 18. století byl kraj zasažen dvěma evropskými válečnými konflikty. Války o dědictví rakouské (1740 - 1748), které začaly hned po nástupu mladičké Marie Terezie na trůn, postihly především Chebsko. Cheb byl v roce 1742 dobyt Francouzi a Bavory. Než se stačilo Chebsko z této války vzpamatovat, vypukla brzo nová válka, sedmiletá (1756 - 1763). V této válce loupila na Loketsku pruská vojska a jiné pruské vojsko se pokusilo neúspěšně dobýt Cheb.

Přes válečné konflikty znamenalo 18. století pro Karlovy Vary dobu rozkvětu a slávy. Důležitým mezníkem se stal rok 1707, kdy císař Josef I. povýšil lázně na svobodné královské město. Důkazem rozkvětu je např. stavba barokního kostela sv. Máří Magdalény a působení lázeňského lékaře Davida Bechera.

Roku 1770 propukl v zemi po neúrodě obilí velký hladomor. Hladu a nemocem podlehlo v Krušnohoří na 2 tisíce lidí.